- a -

• addApplicationDescription() : CmdParser
• addExampleUsage() : CmdParser
• AddGradientImage() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• addOptionalParameter() : CmdParser
• addParameter() : CmdParser
• addRequiredParameter() : CmdParser

- c -

• CalculateMatrixExp() : DTILogEuclideanCalculator< TDtiCompType, TSymCompType >
• CalculateMatrixLog() : DTILogEuclideanCalculator< TDtiCompType, TSymCompType >
• CanReadFile() : DicomIOManager< T >
• checkInputs() : CommonHolder
• CmdParser() : CmdParser
• CommonHolder() : CommonHolder
• compareParameter() : CmdParser
• ComputeAverageMap() : ComputeAverageMap
• ComputeDtiScalars() : ComputeDtiScalars
• computeMeanDTIRunner() : ComputeAverageMap
• computeMeanRunner() : ComputeAverageMap
• ComputeVarianceMap() : ComputeVarianceMap
• ConvertImage3DToFloatImage3D() : DicomIOManager< T >
• CSVDict() : CSVDict

- d -

• DicomMetadataReader() : DicomMetadataReader

- e -

• echoHelp() : CmdParser
• echoUsage() : CmdParser
• echoVersion() : CmdParser
• EnableConsoleLogging() : Logging
• EnableGMTLogging() : Logging
• EnableMultiUserLogging() : Logging
• EnableTextLogging() : Logging
• exampleUsage() : CmdParser

- f -

• FileNameParts() : FileNameParts

- g -

• GetCoefficientOfVariation() : Statistics< TDataType >
• GetComponentType() : ImageInfo
• GetComponentTypeAsString() : ImageInfo
• getDataTypeAsEnumCode() : CmdParser
• getDataTypeAsString() : CmdParser
• getDescription() : CmdParser
• GetEnergy() : Statistics< TDataType >
• getExeName() : CmdParser
• GetGradientDirection() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• GetImageDimensions() : ImageInfo
• GetImageIOBase() : ImageInfo
• GetImageOrigins() : ImageInfo
• GetImageSize() : ImageInfo
• GetImageSpacing() : ImageInfo
• GetImageSpacings() : ImageInfo
• GetInterQuartileRange() : Statistics< TDataType >
• GetITKImage() : DicomIOManager< T > , DicomSeriesReader
• GetKurtosis() : Statistics< TDataType >
• getLaconic() : CmdParser
• getLoggingFileName() : Logging
• GetMaximum() : Statistics< TDataType >
• GetMean() : Statistics< TDataType >
• GetMeanAbsoluteDeviation() : Statistics< TDataType >
• GetMedianAbsoluteDeviation() : Statistics< TDataType >
• GetMetaDataMap() : DicomMetadataReader
• GetMinimum() : Statistics< TDataType >
• GetNthPercentileElement() : Statistics< TDataType >
• getParameterValue() : CmdParser
• GetPixelType() : ImageInfo
• GetPixelTypeAsString() : ImageInfo
• GetQuartileCoefficientOfDispersion() : Statistics< TDataType >
• GetRange() : Statistics< TDataType >
• GetReferenceImage() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• GetRobustMeanAbsoluteDeviation() : Statistics< TDataType >
• GetRootMeanSquare() : Statistics< TDataType >
• GetSkewness() : Statistics< TDataType >
• GetStandardDeviation() : Statistics< TDataType >
• GetStudentizedRange() : Statistics< TDataType >
• GetSum() : Statistics< TDataType >
• GetTagValue() : DicomMetadataReader
• GetVariance() : Statistics< TDataType >
• GetZScores() : Statistics< TDataType >

- i -

• ignoreArgc1() : CmdParser
• ImageInfo() : ImageInfo
• initialize_class() : Logging
• initializeClass() : CommonHolder
• IsDicom() : ImageInfo , DicomIOManager< T >
• IsPositiveDefinite() : DTILogEuclideanCalculator< TDtiCompType, TSymCompType >
• isPresent() : CmdParser
• itkGetConstObjectMacro() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• itkNewMacro() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType > , DTILogEuclideanCalculator< TDtiCompType, TSymCompType > , N3BiasFieldScaleCostFunction< TInputImage, TBiasFieldImage, TMaskImage, TConfidenceImage > , N3MRIBiasFieldCorrectionImageFilter< TInputImage, TMaskImage, TOutputImage > , NaryMeanDiffusionTensorImageFilter< TInputImage, TOutputImage > , NaryMeanImageFilter< TInputImage, TOutputImage > , NaryVarianceImageFilter< TInputImage, TOutputImage >
• itkSetMacro() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• itkSetObjectMacro() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• itkStaticConstMacro() : N3MRIBiasFieldCorrectionImageFilter< TInputImage, TMaskImage, TOutputImage >
• itkTypeMacro() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType > , DTILogEuclideanCalculator< TDtiCompType, TSymCompType > , N3BiasFieldScaleCostFunction< TInputImage, TBiasFieldImage, TMaskImage, TConfidenceImage > , N3MRIBiasFieldCorrectionImageFilter< TInputImage, TMaskImage, TOutputImage > , NaryMeanDiffusionTensorImageFilter< TInputImage, TOutputImage > , NaryMeanImageFilter< TInputImage, TOutputImage > , NaryVarianceImageFilter< TInputImage, TOutputImage >

- l -

• LoadDicom() : DicomIOManager< T > , DicomSeriesReader
• Logging() : Logging

- p -

• Parameter() : Parameter

- r -

• readConfigFile() : CmdParser
• ReadDicomImage() : DicomImageReader
• ReadDicomSeries() : DicomSeriesReader
• ReadMetaData() : DicomMetadataReader
• runAlgorithm() : CommonHolder , ComputeAverageMap

- s -

• SetDirectoryPath() : DicomIOManager< T > , DicomSeriesReader
• setExeName() : CmdParser
• SetFileName() : FileNameParts
• SetFilePath() : DicomMetadataReader
• SetGradientImage() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• SetInput() : Statistics< TDataType >
• SetParameters() : CommonHolder , ComputeAverageMap , ComputeDtiScalars , ComputeVarianceMap
• SetReferenceImage() : DiffusionTensor3DReconstructionImageFilter< TReferenceImagePixelType, TGradientImagePixelType, TTensorPixelType >
• Statistics() : Statistics< TDataType >

- u -

• UseNewFile() : Logging

- w -

• Write() : Logging
• writeConfigFile() : CmdParser
• writeCWLFile() : CmdParser
• WriteError() : Logging
• writing_function() : Logging

- ~ -

• ~CmdParser() : CmdParser
• ~CommonHolder() : CommonHolder
• ~ComputeAverageMap() : ComputeAverageMap
• ~ComputeDtiScalars() : ComputeDtiScalars
• ~ComputeVarianceMap() : ComputeVarianceMap
• ~ImageInfo() : ImageInfo
• ~Logging() : Logging
• ~Statistics() : Statistics< TDataType >